在腫瘤研究上,可以先使用ATGC、GEO數(shù)據(jù)庫分析病例組與對(duì)照組之間的基因表達(dá)差異,進(jìn)行生存分析,以確定您感興趣的基因在臨床上確實(shí)有意義。同時(shí),這些基礎(chǔ)的生信分析工作還可以幫助您合理地設(shè)計(jì)您的實(shí)驗(yàn)方案。
腫瘤研究的實(shí)驗(yàn)通常包括三個(gè)部分:臨床研究、細(xì)胞研究和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)。
臨床研究,首先要考慮的是可以收集到的病例數(shù)以及收集的難度。除了記錄好臨床數(shù)據(jù),根據(jù)實(shí)驗(yàn)的內(nèi)容,需要對(duì)臨床樣品進(jìn)行合適的保存和記錄。如免疫組化、免疫熒光樣品,需要用PBS洗去血液后,固定常溫保存。RT-qPCR和WB樣品,則需要速凍保存。務(wù)必先弄清楚樣品保存條件后,再開展工作,否則可能白辛苦。而且由于臨床樣品收集是非常省時(shí)的工作,一旦錯(cuò)誤收集樣品,可能導(dǎo)致這部分實(shí)驗(yàn)無法在特定時(shí)間點(diǎn)前完成。
細(xì)胞實(shí)驗(yàn),首先需要查收是否有可靠來源的細(xì)胞株,細(xì)胞株是否易于培養(yǎng)和實(shí)驗(yàn)。設(shè)計(jì)好細(xì)胞實(shí)驗(yàn)內(nèi)容后,需要確定基因在細(xì)胞的表達(dá)水平,以確定是過表達(dá)還是沉默該基因。
如果要做裸鼠成瘤實(shí)驗(yàn),那么在選擇細(xì)胞時(shí),還需要確定細(xì)胞的成瘤性。
總之,在您開始長達(dá)1年甚至數(shù)年的研究之前,我建議您,先花1-2個(gè)月做這些前期工作。